石蓮子鎮(zhèn)歷史悠久，境內墩后村有距今五千年的大汶口文化遺址，東周時屬莒國，秦時劃入瑯琊郡莒縣，民國時期屬莒縣第七區(qū)，1939年7月屬莒南縣第七區(qū)，1958年1月改稱石蓮子鄉(xiāng)，1960年1月改稱許口公社，1981年10月改稱石蓮子公社，1984年4月15日機構改革，撤銷石蓮子公社，建立石蓮子鄉(xiāng)人民政府和小官莊鄉(xiāng)人民政府，同時建立鄉(xiāng)黨委。1985年11月小官莊鄉(xiāng)改名為王家溝鄉(xiāng)。1994年12月經(jīng)省政府批準王家溝鄉(xiāng)撤鄉(xiāng)設鎮(zhèn)，建立汀水鎮(zhèn)。1996年12月經(jīng)省政府批準石蓮子鄉(xiāng)撤鄉(xiāng)設鎮(zhèn)，建立石蓮子鎮(zhèn)。2011年與汀水鎮(zhèn)合并成立石蓮子鎮(zhèn)屬莒南縣至今。