查孜鄉氣候嚴格受青藏高原大氣候的制約，氣候干寒，無霜期60---100天。基本可分為兩個大氣候帶；即東南河谷地帶，相對溫暖、少風，呈半干旱氣候，年平均氣溫4.5℃，最熱月（七月）均溫12℃，年降雨量400毫米左右；西北高山地帶，為多風寒冷，呈半干旱氣候，年平均氣溫4℃以下，年降雨量約300毫米，東南與西北氣候的垂直變化較明顯。查孜鄉降水集中于6－9月份，這段的期幾乎天天陰雨連綿，其余月份干旱少雨，風沙較多。